El museo pasa a ser propiedad del Estado por decreto del 2 de noviembre de 1789. En 1790, con la supresión de las órdenes monásticas se seculariza y desarticula. Los locales del ala meridional son alquilados y el gran refectorio vendido a un particular, la señora Verdier, quien lo utiliza como caballerizas y depósito de forraje. El 19 de diciembre de 1793, el consejo departamental (instancia regional), lo nombra: Museo Provisional del Midi de la República. Queda establecido pues, en los locales de la orden de los Agustinos y no en la de los Franciscanos, como se había previsto en un principio. Se inaugura solemnemente el 27 de agosto de 1795, convirtiéndose de este modo, en el segundo museo más antiguo de Francia, (tras el Museo Central de París que abrió sus puertas dos años antes). El primer conservador del museo, Jean Briant; se encuentra en 1794 al frente de unas colecciones compuestas de manera precipitada. Son fruto de los diferentes saqueos efectuados en las iglesias y en las mansiones de los emigrantes de la región. Tras dieciocho meses de obras para acondicionar el lugar, el ingeniero Courtalon señala en su informe con fecha del 25 de diciembre de 1794, que aunque la nave resulte adecuada, para obtener una mayor regularidad, habría que cerrar por medio de tabiques los vanos a las capillas septentrionales. Siguiendo sus indicaciones, los vanos fueron obturados en 1795 y las capillas abandonadas. Hacia 1804, el museo y la Escuela de Arte comparten el ala oriental del pequeño claustro renacentista y los libros de la biblioteca se ubican en el primer piso. A partir de entonces, la furia de las renovaciones museológicas del siglo XIX va a deteriorar de manera considerable el antiguo convento de los Agustinos. Varios factores son los causantes de las numerosas destrucciones llevadas a cabo. En primer lugar, la concepción urbanística de la época, pero también, el traslado de la Escuela de Arte al convento. Esta Escuela se hallaba anteriormente implantada en las dependencias de la alcaldia. De este modo, de 1805 a 1828, todas las capillas anejas al ala oriental fueron arrasadas, salvo la capilla de San Gabriel transformada en letrinas para el uso de la Escuela de Arte.