Durante la Revolución francesa, el convento no resulta particularmente dañado. El 27 de agosto de 1795, el musée des Augustins, convertido en Museo Provisional del Midi de la República, abre solemnemente sus puertas al público. La colección se compone de obras incautadas durante la Revolución así como de algunos depósitos estatales. Estas obras se hallan expuestas en un marco suntuoso. El conjunto queda repartido entre el antiguo convento de los Agustinos, (su iglesia y sus salas capitulares), y el ala construida por el famoso arquitecto Viollet-Le-Duc a fines del siglo XIX. Este ala se compone de una escalinata monumental y de unas amplias salas con iluminación cenital. Entre los numerosos cambios sufridos por el museo a lo largo del siglo XIX, el más espectacular es la construcción del ala edificada por Denis Darcy, entre 1893 y 1903, siguiendo los planos de Viollet-Le-Duc. En 1795, la administración encargada de los Monumentos históricos concede los fondos necesarios para poder realizar un nuevo programa de acondicionamiento, llevado a cabo por Yves Boiret, arquitecto jefe de los Monumentos históricos y Denis Milhau, conservador jefe del museo. Estos últimos años han estado marcados por una renovación en la presentación de las colecciones de escultura románica, una de las joyas del museo. Un proyecto de reestructuración del conjunto del edificio y de cambio en la distribución de las colecciones está siendo estudiado en la actualidad. Se espera conseguir con ello una modernización en las estructuras del museo, así como una mejora en las prestaciones de cara al público.