La mayor parte de la colección de esculturas góticas del museo, (unas cuatrocientas obras), cubre un periodo que abarca desde finales del siglo XIII al siglo XVI. Las salas conventuales, (sala capitular, sacristía y capilla de Nuestra Señora de la Piedad), contemporáneas al siglo XIV y principios del XVI, dan sobre la galería oriental del claustro de los Agustinos y constituyen un marco perfectamente adaptado a las esculturas religiosas originarias principalmente de edificios tolosanos. Si bien los humanistas del Renacimiento utilizaron el término "gótico", de manera peyorativa, para cualificar el arte "bárbaro", hoy en día, sirve para designar un estilo aparecido en el siglo XII, fundamentalmente cerca de París. Este estilo se extendió con mayor o menor arraigo por toda Europa occidental. A lo largo del siglo XIII, en Toulouse, se define una arquitectura gótica meridional que se plasma durante la construcción de la catedral y posteriormente, en la segunda mitad del siglo, en construcciones tales como las grandes naves únicas de los Jacobinos, de los Franciscanos y de los Augustinos. Esta particularidad se explica por el hecho de la fuerte impreganción románica de Toulouse y de su independencia del reino francés hasta 1271. La escultura gótica medieval esencialmente conmemorativa, funeraria o votiva, está bien representada en las colecciones del museo, gracias al conjunto escultórico de la capilla de Rieux, quien sigue en pie a pesar de las numerosas destrucciones sufridas a finales del siglo XVIII y durante el siglo XIX.