A su paso por Toulouse en 1808, Napoleón confirma la cesión a la ciudad del convento de los Agustinos para dedicarlo a un uso museológico. En 1812, el emperador envía treinta nuevos cuadros, entre los que se encuentra la hermosa obra, Recepción del duque de Longueville en la orden del Espíritu Santo, de Philippe de Champaigne, así como numerosas obras holandesas, flamencas, italianas y francesas. Estos depósitos, junto con las incautaciones revolucionarias, constituyen una antología de la pintura occidental, en torno a algunas obras maestras excepcionales, distribuidas entre la iglesia del convento y las salas de pintura del ala Viollet-Le-Duc.


El punto fuerte de estas colecciones corresponde a las obras europeas del siglo XVII. Entre ellas se hallan varios cuadros de pintores célebres, tales como Jacopo Barbier, conocido como El Guercino (La gloria de todos los santos, proveniente del oratorio del altar mayor de la cofradía de los Estigmatas de Módena), Francesco del Cairo, Pedro Pablo Rubens, (Cristo y los dos ladrones, proveniente del altar mayor de los Capuchinos de Amberes), Anton Van Dick, Jacques Stella (La boda de la Virgen), Sébastien Bourdon… Estos pintores, ilustran las principales etapas de las revoluciones estéticas que se han ido sucediendo a traves de los siglos: del manierismo al austero naturalismo de los caravaggescos (Nicolas Tournier), del clasicismo bolonés con Carlo Bononi al lirismo barroco de un Gaulli. La pintura española queda representada con un bello lienzo de Murillo, El extasis de San Diego de Alcalá de Henares, proveniente del convento de los Franciscanos de Sevilla.


La pintura flamenca y holandesa está representada por una serie de cuadros que testimonian del manierismo tardío (Thomas Willeboirts, conocido como Bosschaert), de los principios de la edad barroca (Jan Erasmus Quellinus, El martirio de San Lorenzo) y de la época gloriosa de las escuelas del norte en lo que se refiere al retrato (Nicolas Maes, Pieter Snayers), a los bodegones (Jacob van Es, Willhelm van Aelst), y al paisaje (Gillis Rombouts, Paisaje). Estas obras provienen en su mayoría de las incautaciones revolucionarias de Bernis y del Tonnelier de Breteuil. Bien que incompleta, esta colección refleja muy bien el gusto de los coleccionistas de finales del XVIII.

El arte italiano del siglo XVII, en lo que concierne a la pintura histórica o al retrato, está igualmente representado por unas obras sobresalientes tales como algunos lienzos boloneses (Guido Reni, Apolo y Marsyas, Giuseppe Maria Crespi) y genoveses (Bernardo Strozzi, Retrato de un hombre).

Estos conjuntos completan de manera interesante la serie de cuadros de pintores franceses expuestos en el piso superior. El retrato es uno de los puntos fuertes en las obras de Jean Chalette, Hyacinthe Rigaud (Retrato de Germain-Louis de Chauvelin), François de Troy y Antoine Rivalz (Retrato de Jean-Pierre Rivalz). Los bodegones franceses del siglo XVII, quedan representados por dos obras de Jean Monnoyer y tres cuadros de Louise Moillon (Frutas), una de las escasas pintoras femeninas de la época.