Le couvent fut reconnu Bien de la nation par décret du 2 novembre 1789. Le grand réfectoire fut vendu à la citoyenne Verdier qui y installa… des écuries !

Pour donner davantage de lumière aux œuvres exposées dans l'église, les vitraux des fenêtres hautes et de la rosace furent détruits.

En 1868, la ville de Toulouse acheta le réfectoire gothique des Augustins. Il fut détruit pour faire place à un nouveau projet d'urbanisme.

Il fallut attendre 1941 pour que de véritables travaux de restauration soient entrepris dans les salles d'exposition. Les salles gothiques furent restaurées. A cette occasion, la chapelle Saint-Gabriel fut restituée à son emplacement d'origine ("Nostre Dame...