Devenu bien national par décret du 2 novembre 1789, le couvent est désaffecté dès la suppression des ordres monastiques en 1790 puis démembré : les locaux de l'aile méridionale sont loués et le grand réfectoire vendu à la citoyenne Verdier qui y établit des écuries ainsi qu'un dépôt de fourrage. Le Muséum provisoire du Midi de la République, créé le 19 décembre 1793 par le Conseil du département et prévu à l'origine aux Cordeliers, s'installe aux Augustins où il ouvre solennellement ses portes le 27 août 1795 : c'est l'un des plus anciens de France, après le Muséum central de Paris (10 août 1793). Jean Briant, le premier conservateur se trouve à la tête de collections rassemblées à la hâte en 1794 par de vastes razzias dans les églises et les maisons d'émigrés de la région ; après dix-huit mois de travaux d'aménagement, l'ingénieur Courtalon, dans son rapport du 25 décembre 1794 indique que le vaisseau lui semble idéal mais qu'il faudrait lui donner plus de régularité en fermant par des cloisons toutes les chapelles septentrionales. Elles furent obturées et laissées à l'abandon dès 1795. Vers 1804, le musée et l'école des Arts s'installent dans l'aile orientale du petit cloître renaissance et les livres de la bibliothèque sont entreposés au premier étage. Dès ce moment, la rage d'aménagements muséologiques du XIXe siècle va profondément détériorer l'ancien couvent des Augustins. L'occupation du couvent des Augustins par l'école des Arts, primitivement installée dans les dépendances de l'Hôtel de Ville, liée aussi à une certaine conception de l'urbanisme, provoqua de nombreuses destructions : entre 1805 et 1828, toutes les chapelles débordantes de l'aile orientale, sauf celle de Saint-Gabriel transformée en latrines pour l'école des Arts, furent rasées.