En 1487, vingt-quatre ans plus tard, Innocent VIII accordait des indulgences aux fidèles qui apporteraient leur concours à la reconstruction du couvent. Peut-être les ermites auraient-ils essayé de mettre à profit cette catastrophe pour terminer une construction dont les inachèvements étaient déguisés en détériorations dues au feu ! L'incendie de 1463 fut effectivement, dans la ville de Toulouse, une épouvantable catastrophe : parti du couvent des Carmes, à cause de l'imprudence d'un boulanger, il s'étendit jusqu'au quartier de la Maison de Ville, provoquant d'énormes dégâts, surtout dans les constructions civiles où dominaient les matériaux légers et le bois. Le chroniqueur Simplicien Saint-Martin nous dit que les voûtes de toutes les églises touchées par cet incendie s'effondrèrent. Si, de fait, les couvertures de certains bâtiments du couvent furent gravement endommagées, il semble cependant que les édifices, construits en dur, eurent moins à souffrir que la plupart des maisons du quartier. L'insistance des ermites à obtenir l'aide de l'église et celle des fidèles, en arguant des dommages dus à l'incendie, avait donc peut-être pour but de parvenir à réunir les fonds nécessaires à la couverture définitive de l'église. Celle-ci fut attribuée en 1495 aux maçons Martin Pujol et Pierre d'Arroye. Les travaux furent alors rapidement conduits et la nouvelle consécration de l'édifice fut célébrée le 30 juin 1504.