En 1341, le chevet et les quatre travées orientales de l'église devaient être élevés jusqu'à leurs parties hautes. Les retombées de la croisée d'ogives des chapelles latérales sont ornées d'élégants culs-de-lampe sculptés, les clefs de voûtes recevant des appliques sculptées à personnages, d'un style qui annonce celui de Maître du cycle de la Chapelle de Rieux. L'église reçut également un décor peint que l'on a pu rapprocher de certaines peintures de l'Espagne du nord dans la première moitié du XIVe siècle et de miniatures produites dans le milieu royal à l'époque de Philippe le Bel. Le voûte actuelle et les chapiteaux-frises des retombées datent de la fin du XVe siècle et ont été mis en place après le grand incendie de 1463. Le voûtement de l'église était certainement prévu dès l'origine, mais sans doute n'avait-il pas été encore réalisé à cette date. L'unité architecturale du chevet et des six travées laisse penser que le parti retenu dès l'origine par Jean de Lobres, sur le principe de l'église des Jacobins, a été suivi avec une certaine rigueur. Seule l'élévation des deux travées occidentales aurait été modifiée après l'incendie, lors de la réalisation de la voûte définitive. En 1341, le clocher, en campanile, devait également être en grande partie construit. Comme aux Jacobins, il était conçu en hors d'oeuvre, à proximité du choeur. Les discrets éléments décoratifs des niveaux inférieurs sont identiques à ceux de toute la partie orientale de l'église. L'accès se faisait par l'ouverture qui donne aujourd'hui dans la sacristie, à gauche de la chapelle Notre-Dame de Pitié.