Les dernières années Lorsque se clôt le chantier de la chapelle des Nobles en 1649, Lubin Baugin est à l'apogée de sa réputation. Nous détenons une trentaine d'oeuvres qui peuvent être datées de la fin de sa carrière, dont les rares sujets mythologiques subsistants. Nous savons qu'il réalise ainsi en 1650 un Enlèvement d'Hélène pour le surintendant des Finances, Particelli d'Émery, pour 650 livres. Pareil chantier, pareil client et pareil prix désignent un maître consacré. Malheureusement, ce qui dut être un très "grand tableau" a disparu. Il devait rivaliser avec l'original du fameux Bacchus et Ariane de Guido Reni que détenait alors le sieur d'Emery. Un autre Ravissement d'Hélène nous est connu, un tondo qui reprend peut-être une partie de la composition. Reste un seul grand tableau mythologique de grandes dimensions révélant l'admirable peintre de nus qu'était Baugin : L'Enfance de Jupiter conservé au musée des Beaux-Arts de Troyes fait regretter cruellement la disparition d'autres tableaux de ce genre. Il faut signaler une autre toile profane, Olinde et Sophronie récemment vendue aux enchères à Belfort. Entré en 1650 dans la jeune Académie royale de peinture et de sculpture, il en est pourtant exclu dès 1655 pour absences répétées et divergences. À cette période, ses coloris paraissent se simplifier, les formes deviennent plus sculpturales et la grâce raffinée des débuts, sans perdre de son charme, semble se dépouiller et s'orienter vers plus de classicisme. Des oeuvres témoignent de la grande maîtrise dont il fait alors preuve : La Vierge de Pitié, L'Allégorie des Vertus thélogales et Le Christ au tombeau toile considérée comme son chef-d'oeuvre. On ne connaît que par les textes son implication dans le domaine de la tapisserie. A propos de L'Adoration des bergers, Jacques Thuillier explique qu'il "suffirait de ce tableau pour faire comprendre que Baugin fut en effet capable de "grands desseins" pour tapisseries". La grisaille Moïse sauvé des eaux en est un autre témoin. Le décès du peintre, en 1663, dans des locaux sis "rue de la Chaise en la cour des Flamands" qu'il occupe à la fin de sa carrière, semble bien confirmer cette tradition, le lieu se situant à proximité des ateliers de Raphaël de La Planche.