Les églises et les couvents, particulièrement ceux liés aux ordres mendiants, attirèrent une importante population d'ecclésiastiques, de chevaliers, de juristes, de marchands ou d'artisans qui tenait à avoir sa sépulture dans ces nouveaux couvents. Bien souvent, les dons dont elle faisait bénéficier ces établissements, propres à favoriser le salut de l'âme (pratique des Indulgences) ont pris la forme d'oeuvres d'art (peintures murales, retables, objets d'orfèvrerie) offertes en témoignage de piété ; de nombreuses armoiries de donateurs en témoignent. Les tombeaux ne sont pas les moindres : sarcophages, gisants, plates-tombes, voire simples épitaphes demandent au passant une prière propre à favoriser le salut et emplissent églises et cloîtres. Parmi ces oeuvres, un des sarcophages de la sacristie, de la fin du XIIIe siècle, est probablement celui d'Hugues de Palais, consul de Toulouse en 1284 qui contribua financièrement à l'édification du chevet de l'église des Jacobins. Un médaillon sculpté le représente sous le heaume, l'épée haute, reconnaissable à ses armoiries peintes sur le bouclier. Auprès de ce type de sarcophage, se multiplient les plates-tombes telles celle de Marquesia de Linars où la défunte est représentée comme une belle dame de la société courtoise, de manière légèrement stéréotypée. Le gisant polychrome en marbre de Guillaume Durant le jeune, évêque de Mende, autrefois orné d'éléments d'orfèvrerie qui ont disparu, témoigne au contraire de la parfaite maîtrise d'un grand sculpteur qui travaillait sur le chantier de la cathédrale de Narbonne, dans le deuxième quart du XIVe siècle. Le musée conserve également une importante collection d'épigraphie médiévale, datant du XIIe à la fin de la Renaissance. Il s'agit le plus souvent d'épitaphes mortuaires que complètent des dalles funéraires, des inscriptions rappelant les fondations obituaires, ainsi que des dalles de fondation de chapelles, provenant de Haute-Garonne, du Gers, et quelques grands ensembles toulousains (basilique Saint-Sernin, couvents des Jacobins et des Cordeliers, églises Saint-Michel et de la Daurade et ensemble claustral de la cathédrale Saint-Étienne).