Parmi ces mécènes, Gabriel Vandages de Malapeire joue un rôle exemplaire : pour la décoration de sa chapelle Notre-Dame du Mont-Carmel (1671-1692), il fit appel au toulousain François de Troy, et aux artistes parisiens Charles de la Fosse (La Présentation au temple), Gabriel Blanchard (La Purification) ou Houasse. Aux prestigieux décorateurs des salons de Versailles, Vandages de Malapeire confronte les talents toulousains ainsi revalorisés. Les exemples de cette nature se multiplient : ainsi en est-il des tableaux de Nicolas Tournier pour Saint-Étienne et pour les Pénitents noirs, où ses oeuvres ténébristes voisinaient avec deux vastes compositions baroques de Aubin Vouet, de Guy François pour les Chartreux, de Lucio Verrio pour les Carmes Déchaussées. De même, les pénitents blancs font appel à Subleyras pour le décor de leur plafond ; pour l'église de Beaumont-de-Lomagne est commandée une remarquable Descente de croix à Jean Jouvenet, alors qu'un chef-d'oeuvre de Claude Vignon, la Résurrection, jadis à l'église de Pompignan, est aujourd'hui présenté dans une chapelle de l'église du quartier des Minimes, à Toulouse. La figure du moine augustin Ambroise Frédeau (Saint Nicolas de Tolentino bercé par le concert des Anges), qui travailla au sein même de l'actuel musée, n'est pas la moins attachante : peintre et sculpteur, le musée conserve de lui un bel ensemble d'oeuvres qui atteste que Toulouse était bien, au XVIIe siècle, au coeur de nombreux échanges artistiques. L'un des artistes essentiels de la période est Nicolas Tournier, dont trois tableaux sont présentés dans l'église (la Vierge à l'enfant, Le Christ descendu de la Croix et Le Christ porté au tombeau). Formé à Rome après la mort de Caravage puis établi à Toulouse en 1632, Nicolas Tournier illustre le caravagisme français : la mise en page dépouillée, les volumes simplifiés, le jeu des contrastes et la qualité froide de la lumière de ces tableaux dérivent de l'art du grand peintre italien du début du XVIIe siècle, ici interprété dans un style très personnel.