Unissant les plaisirs de l'esthétique à ceux de la musique, le musée des Augustins entretient depuis longtemps des partenariats assidus avec les Arts renaissants, le Conservatoire régional de musique et l'association Toulouse les orgues, et ouvre ainsi régulièrement son cadre unique aux festivals et à des concerts d'orgue ou de musique classique. C'est aussi avec les Arts renaissants, que le musée organise la Fête de la musique, le 21 juin. A noter aussi, tous les mercredis, en nocturne le musée ferme ses portes à 21 h sur un petit concert d'orgue gratuit pour les visiteurs, de 20h à 20h30, organisé avec Jan Willem Jansen.